فعاليت‌هاي تحقيقاتی، کشاورزی در استان خوزستان در سال 1338 با تشكيل آزمايشگاه بررسي آفات و بيماري‌هاي گياهي آغاز شد.

در سال 1364 با تغيير ساختار تحقيقات وزارت كشاورزي و تمرکز ادارات مستقل، مركز تحقيقات كشاورزي خوزستان شکل گرفت.

در سال 1370 و با تشكیل وزارت جهاد سازندگي، بخش‌هاي تحقيقاتي جنگل و مرتع، آبخيزداري و علوم دامي تفكيك و زیر مجموعه وزارت جهاد سازندگی قرار گرفتند و مركز تحقيقات منابع طبيعي و امور دام تشكيل شد.

در سال 1381 و با ادغام دو وزارت‌خانه جهاد سازندگی و وزارت کشاورزی،  وزارت جهاد کشاورزی، مرکز تحقیقات کشاورزی خوزستان و مرکز تحقیقات منابع طبیعی و امور دام خوزستان در تیرماه همان سال با یکدیگر ادغام گردیده و  مركز تحقيقات كشاورزي و منابع طبيعي خوزستان با هدف پیشبرد و انسجام فعاليت‌هاي تحقيقات كشاورزي و منابع طبيعي زيرنظر مديريت واحد شکل گرفت.

در ادامه سیاست‌های تجمیع و یکپارچه‌سازی بخش‌های کشاورزی در بهار سال 1394 مرکز تحقیقات کشاورزی و منابع طبیعی خوزستان نیز با مرکز آموزش شهدای هویزه ادغام و مرکز آموزش در قالب معاونت آموزشی مرکز تحقیقات به فعالیت آموزشی خود ادامه داد و نام مرکز به مرکز تحقیقات و آموزش کشاورزی و منابع طبیعی خوزستان تغییر یافت.